Yumekui Merry dimulai dengan Yumeji Fujiwara, seorang siswa SMA yang tampaknya biasa-biasa saja. Tapi sepuluh tahun lalu, Yumeji mendapatkan kemampuan untuk melihat aura mimpi orang lain di sekitarnya. Kemampuan ini memungkinkan Yumeji memprediksi jenis mimpi apa yang mungkin akan dialami orang-orang selanjutnya. Mimpi orang lain mungkin bukan misteri bagi Yumeji, tapi mimpinya sendiri akhir-akhir ini membuatnya bingung. Dalam mimpi demi mimpi, Yumeji dikejar oleh pasukan kucing yang dipimpin oleh John Doe, yang mengaku membutuhkan tubuh Yumeji untuk memasuki dunia nyata.

Kejadian aneh ini semakin aneh saat Yumeji bertemu dengan Nightmare Merry, iblis impian yang ingin kembali ke dunianya sendiri. Menggunakan kekuatannya, Yumeji memutuskan untuk membantu Merry kembali ke rumah. Tetapi kehadiran Merry di dunia nyata berarti bahwa penghalang yang memisahkan mimpi dan kenyataan telah dipatahkan, dan tidak semua iblis mimpi berniat untuk datang ke Bumi dengan damai …