Haruka dan Sora Kasugano akan pulang, ke tempat yang penuh dengan kenangan.

Kehilangan orang tua mereka dalam kecelakaan mobil yang tragis, si kembar memutuskan untuk kembali ke pedesaan dan memulai hidup baru di rumah kakek mereka, yang selalu mengingatkan kenangan akan masa lalu mereka. Mereka adalah teman masa kecil Nao Yorihime dan Akira Amatsume, serta pendatang baru Kazuha Migiwa. Ini adalah sambutan yang hangat, simbol dari hari-hari yang akan datang.

Kedamaian mereka hanyalah sementara, namun, karena emosi yang tertekan, yang lahir dari sumpah yang baru ditemukan dan dilupakan, mulai memberikan pengaruh mereka pada kehidupan baru si kembar. Dan jauh di lubuk hati, sebuah rahasia kelam, yang hanya diketahui oleh mereka, mulai terbongkar.

Berdasarkan visual novel oleh Sphere, Yosuga no Sora tidak hanya mengeksplorasi kekuatan ingatan yang hilang dan cinta sejati ketika ikatan banyak orang terjalin, tetapi juga menimbulkan pertanyaan tentang moralitas dan penerimaan sosial.