Suatu hari, matahari merah cerah berhenti bersinar, menyebabkan “Fenomena Kerusakan” —hancurnya kota Arata Kasuga dan lenyapnya orang-orang yang menghuninya. Semua, bagaimanapun, belum hilang; dengan memanfaatkan grimoire magis yang diberikan kepadanya oleh teman masa kecil dan sepupu Hijiri Kasuga, dunia Arata direkonstruksi secara artifisial.

Untuk menyelidiki fenomena tersebut, Lilith Asami muncul di hadapan Arata, yang dunia buatannya tiba-tiba hancur. Dia diberi dua pilihan: menyerahkan buku itu, atau mati. Namun, Arata memilih opsi ketiga — mendaftar di sekolah sihir rahasia Royal Biblia Academy, di mana enam pengguna sihir lainnya menunggunya. Bersama dengan Lilith, keenam ini membentuk Trinity Seven, elit sekolah yang masing-masing meningkatkan kekuatan dan keterampilan mereka sendiri.

Dengan ambisi untuk menyelamatkan Hijiri dan bantuan dari teman-teman barunya, Arata tidak berhenti untuk mencegah kehancuran kampung halaman tercinta dan untuk membawa kembali sahabatnya.