Sihir Onmyoudou pernah menjadi teknik kuat yang digunakan oleh Jepang selama Perang Dunia kedua agar mereka bisa unggul dan membangun bangsa mereka sebagai kekuatan yang tangguh. Tapi Jepang dengan cepat dikalahkan setelah onmyouji Yakou Tsuchimikado yang dihormati menyebabkan “Bencana Spiritual Besar,” sebuah peristiwa yang melanda Tokyo hingga hari ini. Sebagai hasil dari kecelakaan ini, Badan Onmyou didirikan untuk mengusir bencana spiritual lebih lanjut dan memerangi iblis yang akan masuk ke dunia.

Sekarang, Onmyoudou telah menjadi jauh lebih modern, disederhanakan, dan diperhalus untuk digunakan dalam berbagai macam aplikasi seperti kedokteran dan teknologi. Namun, tidak semua orang dapat memanfaatkan sihir tersebut, seperti halnya dengan Harutora, anggota keluarga cabang Tsuchimikado. Meskipun ada janji lama untuk melindungi Natsume, pewaris dari keluarga utama Tsuchimikado dan reinkarnasi Yakou yang seharusnya, sebagai familiarnya, Harutora tidak memiliki bakat dan memilih untuk menjalani kehidupan normal sebagai gantinya. Tapi ketika seorang anggota terkemuka dari Onmyou Agency mencoba untuk membuat ulang eksperimen yang sama yang menyebabkan kejatuhan Jepang, dia memutuskan untuk menepati janjinya dan bertarung di sisi Natsume.