Dua tahun telah berlalu sejak penggerebekan CCG di Anteiku. Meskipun atmosfer di Tokyo telah berubah secara drastis karena pengaruh yang meningkat dari CCG, hantu terus menimbulkan masalah karena mereka mulai berhati-hati, terutama organisasi teroris Aogiri Tree, yang mengakui ancaman CCG yang semakin meningkat terhadap keberadaan mereka.


Pembentukan tim khusus, yang dikenal sebagai Quinx Squad, dapat memberikan CCG dorongan yang mereka butuhkan untuk memusnahkan penduduk Tokyo yang tidak diinginkan. Sebagai manusia yang telah menjalani operasi untuk memanfaatkan kemampuan khusus hantu, mereka berpartisipasi dalam operasi untuk membasmi makhluk berbahaya tersebut. Pemimpin kelompok ini, Haise Sasaki, adalah setengah hantu, setengah manusia yang telah dilatih oleh penyelidik kelas khusus terkenal, Kishou Arima. Namun, ada lebih banyak hal pada pemuda ini daripada yang terlihat, karena ingatan yang tidak diketahui mencekam pikirannya, perlahan mengingatkannya pada orang yang dulu.