Pertarungan terakhir melawan Dark Territory terus berlanjut, saat pemain dari seluruh dunia membanjiri server Dunia Bawah dan menjerumuskan Kerajaan Manusia ke dalam kekacauan total. Asuna Yuuki dan teman-temannya mempertahankan sekutu baru mereka dengan semua yang mereka miliki, tetapi jumlah mereka menurun. Sementara itu, Alice Zuberg menuju ke Altar Ujung Dunia sementara Gabriel “Vecta” Miller terus mengejarnya.

Sementara itu, anggota Rath menyusun rencana untuk memulihkan fluctlight Kirito yang rusak. Namun, penyusup yang menempati ruang kendali utama punya rencana lain. Dikelilingi oleh kematian dan keputusasaan, ketika semua harapan sepertinya hilang, satu suara menjangkau Kirito — yang familiar berkata, “Aku akan selalu berada di sisimu.”

Sword Art Online: Alicization – War of Underworld Musim ke-2 adalah kesimpulan epik dari impian Akihiko Kayaba untuk menciptakan kecerdasan buatan manusia. Sekarang terserah Kirito dan teman-temannya untuk melindungi dunia yang runtuh ini dari orang-orang yang masih berpikir ini hanya permainan.