Setelah mendapatkan kembali kemampuannya seperti cumi-cumi, Ika Musume berencana untuk melanjutkan misi yang ditunjuknya sendiri untuk menghancurkan seluruh umat manusia. Namun, pekerjaan riangnya sebagai pelayan di rumah pantai Lemon berarti dia tidak bisa tidak bermalas-malasan selama waktu luangnya! Selain itu, dia dibebani dengan banyak masalah, seperti dikejar oleh sekelompok individu yang terobsesi dengan alien dan menarik minat seorang gadis gila.

Mengambil setelah akhir musim pertama, Shinryaku !? Ika Musume mengikuti kehidupan lucu Ika Musume saat dia merencanakan invasi berikutnya ke dunia permukaan.