Enam bulan lalu, Sakuta Azusagawa secara kebetulan bertemu dengan gadis kelinci di perpustakaan. Sejak saat itu, dia sangat bahagia dengan pacarnya: Mai Sakurajima, gadis kelinci yang sama. Namun, kemunculan kembali naksir misterius pertamanya, Shouko Makinohara yang sekarang sudah dewasa, menambah kerumitan baru dalam hubungannya dengan Mai. Untuk memperburuk keadaan, dia kemudian bertemu dengan Shouko sekolah menengah di rumah sakit, menderita penyakit yang parah. Secara misterius, bekas luka lamanya mulai berdenyut setiap kali dia berada di dekatnya.

Dengan situasi aneh Shouko yang entah bagaimana berputar di sekelilingnya, Sakuta harus menerima perasaannya yang bertentangan, baik atau buruk. Dengan nyawa seorang gadis di tangannya, apa yang bisa dia lakukan?