Ambil senjatamu dan bidik, karena Sabagebu! mendatangi Anda!

Momoka Sonokawa baru saja memikirkan urusannya sendiri di kereta suatu hari ketika dia bertemu dengan orang cabul. Sebelum dia bisa berbuat apa-apa, seorang gadis bernama Miou muncul, mengacungkan dua pistol dan menakut-nakuti dia, hanya untuk ditangkap sendiri beberapa menit kemudian karena memiliki senjata api.

Kemudian Momoka melihat gadis yang sama di sekolahnya dan mengikutinya ke gedung yang rusak. Ternyata Miou adalah ketua Klub Permainan Bertahan Hidup sekolah, dan tidak butuh waktu lama bagi Miou untuk menangkap Momoka dan memaksanya bergabung dengan mereka.

Selama seri, Momoka dan “teman” barunya akan mengambil bagian dalam banyak pertempuran melawan musuh dari sekolah lain, saingan dari sekolah yang sama yang ingin melihat klub ditutup dan bahkan satu sama lain (pada banyak kesempatan). Dengan teman dan teman sekelas seperti ini, apakah Momoka akan berhasil sampai kelulusan?