Kekaisaran Alzano adalah rumah bagi salah satu sekolah sihir paling terkenal di dunia: Akademi Sihir Kekaisaran Alzano. Di sini, para siswa muda yang ambisius menjalani pelatihan untuk menjadi pesulap yang kompeten. Sistine Fibel, seorang gadis bangsawan yang keras, dan sahabatnya yang bermata cerah Rumia Tingel menghadiri Akademi, bertekad untuk mengembangkan keterampilan sihir mereka.

Namun, dunia mereka berputar-putar ketika guru favorit mereka tiba-tiba pensiun dan Glenn Radars yang penuh teka-teki menggantikannya. Sikapnya yang malas dan acuh tak acuh terhadap kehidupan dan sihir dengan cepat membuatnya berselisih dengan kelasnya. Terlebih lagi, kekuatan jahat yang tersembunyi di dalam tembok kekaisaran mulai menjadi aktif, dan Sistine, Rumia, dan Glenn terjebak dalam skema mereka.

Rokudenashi Majutsu Koushi to Akashic Records mengikuti Sistine, yang terpikat oleh Sky Castle misterius yang mengambang; Rumia, yang dihantui oleh masa lalu yang bermasalah; dan Glenn, yang mungkin lebih dari yang terlihat. Meskipun di permukaan benar-benar berbeda, mereka terikat secara misterius oleh seutas benang nasib.