Bagi Oz Vessalius muda, pewaris Vessalius Duke House, dunia berbahaya yang disebut Abyss tidak lebih dari sebuah cerita rakyat yang digunakan untuk menakut-nakuti anak-anak yang nakal. Namun, ketika upacara kedewasaan Oz terganggu oleh niat Klan Baskerville yang jahat untuk mengusirnya ke kedalaman Abyss, pewaris Vessalius menyadari bahwa kehidupan mewahnya yang damai telah berakhir. Sekarang, dia harus menghadapi dunia Abyss dan penghuninya, “Rantai” yang mengerikan, yang sama-sama tidak palsu seperti yang dia yakini.

Berdasarkan manga fantasi supernatural dengan judul yang sama, Pandora Hearts menceritakan kisah perjalanan Oz yang berusia lima belas tahun untuk menemukan makna di balik peristiwa aneh yang telah mengambil alih hidupnya. Dibantu oleh Chain misterius bernama Alice, yang memiliki julukan “Bloodstained Black Rabbit,” dan anggota organisasi klandestin yang dikenal sebagai “Pandora,” Oz mulai menyadari keberadaannya mungkin memiliki makna lebih dari yang pernah dia bayangkan.