Setelah lima tahun menyembunyikan perasaan yang tak terucapkan, siswa SMA Taiju Ooki akhirnya siap untuk menyatakan cintanya kepada Yuzuriha Ogawa. Namun, tepat ketika Taiju memulai pengakuannya, cahaya hijau yang menyilaukan menerpa Bumi dan membatu umat manusia di seluruh dunia — mengubah setiap manusia menjadi batu.

Beberapa milenium kemudian, Taiju terbangun dan menemukan bahwa dunia modern sama sekali tidak ada, karena alam telah berkembang di tahun-tahun umat manusia berdiri diam. Di antara dunia patung batu, Taiju bertemu dengan satu manusia hidup lainnya: Senkuu, temannya yang mencintai sains, yang telah aktif selama beberapa bulan. Taiju mengetahui bahwa Senkuu telah mengembangkan skema besar — ​​untuk meluncurkan kebangkitan penuh peradaban dengan sains. Otak Taiju dan otak Senkuu bergabung untuk menjalin kemitraan yang tangguh, dan mereka segera menemukan metode untuk menghidupkan kembali mereka yang membatu.

Namun, rencana induk Senkuu terancam ketika ideologinya ditantang oleh orang-orang yang terbangun. Selama ini, alasan terjadinya pembatu umat manusia masih belum diketahui.